Les caméras thermiques ne fonctionnent souvent pas bien sous l'eau parce que l'eau bloque de nombreuses longueurs d'onde infrarouges, tout comme une barrière opaque bloque les longueurs d'onde visibles.Tout comme nous ne pouvons pas voir à travers la peinture, un capteur infrarouge ne peut pas "voir" à travers l'eau profonde parce que les ondes qu'il détecte ne peuvent pas traverser l'eau.
L'eau présente un autre problème difficile pour les caméras thermiques, qui concerne la conductivité thermique et la chaleur spécifique.Il faut donc quatre fois plus d'énergie pour augmenter ou diminuer la température du même volume de 1 degré..
Cela signifie qu'un objet perd (ou gagne) son énergie thermique plus rapidement et sur une distance plus courte que l'eau.